Endonucleases, які визнають конкретної бази послідовності в ДНК спіраль, створення дволанцюжкові перерва ДНК.

Примітка: тип I обмеження ферментів прив'язати до цих сайтів визнання, але згодом скоротити ДНК на різних сайтах. Тип II обмеження ферментів як прив'язати і скоротити в межах їх розпізнавання або цільові сайти.