En typ av DNA-markör, genereras genom rötning av arvsmassans DNA med två enzymer som begränsning att skapa många DNA-fragment, ligatur av specifika sekvenser av DNA (kallas adaptrar) till ändarna på dessa fragment, förstärkning av fragmenten via PCR (med en uppsättning primer med sekvenser som motsvarar korten, plus olika slumpmässiga kombinationer av tre ytterligare baser i slutet), och visualisering av fragment via gelelektrofores. The PCR kommer att förstärka varje fragment vars sekvens händer att starta med någon av de tre-base sekvenserna i uppsättningen med primer. AFLPs har den viktiga fördel som många markörer kan genereras med relativt liten ansträngning. Är ett mycket bra sätt att kvantifiera omfattningen av genetiska mångfalden inom och mellan populationer. Deras största nackdelen är att de är inte specifika för ett särskilt locus och, eftersom de betygsätts som närvaron eller frånvaron av ett band, heterozygotes inte kan särskiljas från homozygotes, dvs., de ärvs på ett dominerande sätt.