Trieda enzýmov, ktoré rozkladať molekuly DNA alebo RNA tak, že štiepia phospho-diester dlhopisov, ktoré spájajú priľahlých nukleotidov. v deoxyribonuclease (DNase), je substrát DNA. v endonuclease, je cleaves na vnútorný stránky substrát molekuly. Exonuclease sa postupne cleaves od konca substrát molekuly. v ribonukleáze (RNase), substrát je RNA. V S1 nuclease substrát je singel-uviaznutými DNA alebo RNA. Nucleases majú rôznou mierou base-sekvencie špecifickosti, najviac konkrétne, je obmedzenie endonucleases.