Klasifikačná schéma uvedie, ktoré plazmidov aktivity môžu koexistovať v jednej bunke. Plazmidov musia patriť do rôznych nezlučiteľnosti skupiny koexistencia v rovnakej bunke. Plazmidov, ktoré patria do tej istej skupiny nezlučiteľnosti sú nestabilné, keď tú istú bunku. a plazmidu klonovanie vektor by vždy patria do odlišnej od hostiteľa baktérie endogénneho plazmidov nezlučiteľnosti skupiny.