Vzniku odchýlky v dĺžke DNA fragmentov ktoré sú produkované po výstrih s typ II obmedzenia endonukleázy. Rozdiely v dĺžkach DNA sú kvôli prítomnosti alebo neprítomnosti uznanie parkov pre tento konkrétny reštrikčných enzýmov. RFLPs boli spočiatku zistiť použitím hybridizácia s sondami DNA po oddelení trávené genomické DNA gélovou elektroforézou (južnej analýza). , Teraz sú zvyčajne zisťované elektroforézou trávené PCR produktu.