Условия реакции - особенно температуры, соли concentration(s) и рН-, которые диктуют отжигом одноцепочечной ДНК/ДНК, ДНК/РНК и ДНК РНК/РНК гибридов. На высокой жесткости, дуплексы формируют только между пряди с совершенным одному взаимодополняемости; Нижняя жесткости позволяет отжиг между пряди с определенной степенью несоответствия между базами.