En polymorfisme (eksemplarer) på et bestemt base nettsted i en koding sekvens, f.eks på basere 306 i et bestemt gen, ett individ kan være heterozygote for A og G: mors allelet kunne ha en A på dette området, mens det faderlige allelet har en G på dette området. Denne typen polymorfisme er omfattende gjennom genomet, og har den store fordelen av å være synlig uten behov for gel geleelektroforese, som åpner veien for storskala automatisering av genotyperingteknologi.