Kloakk behandling er en av de mest utbredte bioteknologisk prosessene i vestlige samfunn, å håndtere store mengder avfall for mennesker og dyr som slike samfunn produserer. Kloakk behandlingsmetoder varierer mye, men alle har en biologisk basis å bryte ned det organiske materialet i kloakk og konvertere den til noe som kan være trygt slippes ut i miljøet (vanligvis elver eller hav).