חלק זה של הגן המציין ישירות את רצף חומצות אמיניות המוצר החלבון שלה. Non-קידוד רצף של גנים כוללים אזורי בקרה, כגון היזמים, מפעילי terminators, כמו גם את רצפי אינטרון של גנים מסוימים האיקריוטים.