Endonucleases che riconoscono le sequenze specifiche di base all'interno di un elica di DNA, creando un doppio filamento rompere del DNA.

Nota: restrizione enzimi associare questi siti riconoscimento ma successivamente tagliano il DNA in diversi siti di tipo I. Enzimi di restrizione type II sia legano e tagliare all'interno di siti di riconoscimento o di destinazione.