Terjadinya variasi panjang DNA fragmen yang dihasilkan setelah pembelahan dengan tipe II pembatasan endonuclease. Perbedaan dalam DNA panjang adalah karena adanya atau tidak adanya pengakuan situs (s) untuk enzim pembatasan tertentu itu. RFLPs yang awalnya terdeteksi menggunakan hibridisasi dengan DNA probe setelah pemisahan dari DNA genom digested oleh Elektroforesis gel (Selatan analisis). Sekarang mereka biasanya terdeteksi oleh Elektroforesis digested PCR produk.