Proses rekombinasi yang menyisipkan molekul DNA yang kecil (biasanya dengan rekombinasi homolog) ke yang lebih besar. Jika molekul melingkar, integrasi melibatkan hanya satu crossing-over; jika linear, kemudian penyeberangan-atas dua diperlukan. A contoh yang terkenal adalah integrasi fag λ (lambda) DNA ke dalam E. coli genom.