Szennyvíz kezelése az egyik legelterjedtebb biotechnológiai eljárások, a nyugati társadalmakban, foglalkozni az emberi és állati hulladék, hogy ilyen társadalmakban előállításához hatalmas mennyiségű. Szennyvíz kezelési módszerek eltérőek, de mindegyikük bontják le a szerves anyagok, szennyvíz, és megtérít ez-ba valami biológiai alapja, hogy biztonságosan mentesül a környezetbe (általában folyók és tengerek).