Un plasmide capable de reproduire dans les deux organismes hôte différent parce qu'il porte deux origines différentes de réplication et permet donc aux gènes « navette » de l'un à l'autre. Parexemple, YEp, pJDB219, est un vecteur navette capable de se répliquer dans E. coli dès son origine pMB9 et Saccaromyces cerevisiae dès son origine de 2 µm-plasmide.