Reaktsiooni tingimused - eelkõige temperatuuri, soola kontsentratsioon(id) ja pH - dikteerige praimerite ühe-luhtunud DNA/DNA, DNA/RNA ja RNA/RNA hübriidid. Kell kõrge rangus, duplexes moodustavad ainult koos täiuslik üks-ühele täiendavuse tegevusvaldkondade vahel; madalama rangus võimaldab lõõmutamist tegevusvaldkondade teataval määral põhiprobleemidest aluste vahel.