Bereichen der höheren Dichte von der dinucleotid Sequenz Cytosin--Phosphat Diester--Guanin. Ausdehnungen von DNA mehrere hundert auf mehrere tausend Basenpaare lang bilden. Beim Menschen sind es etwa 45.000 CpG-Inseln, vor allem an den 5' Enden der Gene gefunden. Sind außer für die auf dem inaktiven x-Chromosom und einige zugeordnete unmethylated eingeprägt Gene.