Eine einzelsträngige DNA oder RNA Fragment zum Suchen eines bestimmten Gens oder anderen DNA-Sequenz in der Gentechnik verwendet. Die Sonde hat eine base-Sequenz komplementär zu der Zielsequenz und wird somit angehängt von Basepairing. Durch Kennzeichnung der Sonde die, es nach der nachfolgenden Trennung und Reinigung identifiziert werden kann.