En klassificering ordning med angivelse af hvilke plasmider kan eksistere side om side inden for en enkelt celle. Plasmider skal tilhøre forskellige uforenelighed grupper til at eksistere side om side inden for den samme celle. Plasmider, der tilhører gruppen samme inkompatibilitet er ustabile, når de placeres i den samme celle. a plasmid kloning vektor bør altid tilhører en forskellig fra den vært bakterie endogene plasmider uforenelighed gruppe.