En dobbelt-strenget DNA molekyle eller DNA-RNA hybrid, hvor hver linje er af en anden oprindelse, og derfor indeholder en eller flere forkerte (ikke-supplerende) basepar. A DNA duplex er udarbejdet af hybridisering af enkeltstrenget DNA molekyler stammer fra to forskellige kilder. Hvor de to DNAs har identiske eller meget lignende sekvenser, en dobbelt-strenget molekyle vil blive oprettet, hvor de to DNAs afviger i sekvens, enkeltstrenget regioner vil fortsat. En heteroduplex vil blive afsløret som enkelt-strenget "buske" når DNA er observeret elektron mikroskopisk. Et kort over homologe og ikke-homologe regioner i de to molekyler kan dermed konstrueres. Denne proces er kendt som heteroduplex kortlægning.