Třída enzymů, které rozkládají DNA nebo RNA molekul tím štípací fosfo diester dluhopisy, které propojují sousedící nukleotidů. v deoxyribonuclease (DNase), substrátu je DNA. v endonuclease, štěpí na vnitřní místech v molekuly substrátu. Exonuclease se štěpí postupně od konce molekuly substrátu. v ribonuclease (RNase), substrátu je RNA. V S1 nuclease, substrátu je jediné pletl DNA nebo RNA. Nucleases mají různou base sekvence specifičnost, nejvíce specifické, že omezení endonucleases.