Endonucléases qui reconnaissent des séquences spécifiques de base dans une hélice d'ADN, créant un double-strand break de l'ADN.

Remarque : restriction enzymes se lient à ces sites de reconnaissance mais par la suite couper l'ADN à des sites différents de Type I. Enzymes de restriction type II les lier et couper dans leurs sites de reconnaissance ou de la cible.