بروتوكول بحث يميز بين النهج "الصندوق الأسود" حيث يعالج الباحث مجهول، والنهج "مربع أبيض" حيث يحدد معرفة كيف يعمل شيئا الأساليب المستخدمة لدراسته. بوجه عام، حدود الإيكولوجيا نفسها إلى أساليب الصندوق الأسود الذي يبحث في الظواهر الطبيعية من الخارج، "موضوعيا"، بينما الإيكولوجيا العميقة، اكوبسيتشولوجي، ووجهات أخرى أكثر تفاعلية تسعى جاهدة لتكون على اتصال مع الأعمال الداخلية للطبيعة.